Free Uninstaller jest zamiennikiem apletu Dodaj/Usuń programy. Program uruchamia się dużo szybciej od systemowego apletu i zawiera szereg dodatkowych funkcji. Głównym zadaniem programu Free Uninstaller jest usuwanie programów zainstalowanych w systemie Windows oraz usuwanie z listy aplikacji już odinstalowanych, po których pozostały niepotrzebne wpisy w rejestrze systemowym.

Interfejs programu jest bardzo prosty i nie powinien sprawić problemów nawet początkującym użytkownikom. W górnej części okna głównego znajduje się pasek narzędziowy z najczęściej wykorzystywanymi funkcjami. W części środkowej wyświetlana jest lista wszystkich zainstalowanych w systemie aplikacji. Aby odinstalować program, wystarczy tylko zaznaczyć go na liście i kliknąć przycisk Odinstaluj. W dolnej części wyświetlane są najważniejsze informacje dotyczące zaznaczonego programu.

Kolorem czerwonym wyróżniane są nieprawidłowe elementy. Najczęściej są to już usunięte programy, po których pozostały w rejestrze niepotrzebne wpisy. Aby usunąć taki element, należy zaznaczyć go na liście i kliknąć przycisk Usuń.
Kolorem niebieskim wyróżniane są komponenty systemowe. Ponieważ usunięcie takich komponentów może spowodować uszkodzenie systemu operacyjnego, domyślnie są one ukryte, a ich deinstalacja/usuwanie powinny być głęboko przemyślane.

Przy pierwszym uruchomieniu programu tworzona jest kopia listy zainstalowanych aplikacji wraz z wszystkimi dodatkowymi parametrami dodanymi przez instalator każdego z programów. Kopia ta zapisywana jest w katalogu z programem Free Uninstaller, w pliku z rozszerzeniem REG (skrypt systemowego Edytora rejestru). Nazwa tego pliku rozpoczyna się od first_registry_backup. Plik ten jest tworzony tylko raz, jednak użytkownik może wykonać kopię w dowolnym momencie. W tym celu należy wybrać menu Plik -> Utwórz kopię zapasową danych z Rejestru....
Jeśli przez przypadek usuniemy program z listy, posiadając kopię można go z powrotem przywrócić. Uwaga! Przywracane zostają tylko informacje wymagane do deinstalacji danego programu/programów, ale nie sam program.